ENBIK2014 - Národní bioinformatická konference

Registrace a ubytování, 10:00 - 12:30

Oběd, 12:30 - 13:45

Pórková polévka s vejcem
1. Babiččina sekaná, bramborová kaše
2. Špagety s vepřovým masem, tomatovou omáčkou a sýrem
3. Zapečená brokolice ve vinnosmetanové omáčce s mozarellou

Přivítání

13:45	Úvodní slovo Daniel Svozil, VŠCHT Praha a CZ-OPENSCREEN

Dobrej hardvér. A co softvér?

Chairman: Jan Pačes, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha

14:00	Rozvoj Bioinformatiky v prostředí IT4Innovations národního superpočítačového centra Branislav Jansík, IT4Innovations, Ostrava přílohy: abstrakt, prezentace
14:20	OMICS – High Performace Computing řešení pro genomiku Tomáš Hlavsa, BULL s.r.o., Praha 2 přílohy: abstrakt, prezentace
14:40	ChemAxon – chem a bioinformatický software pro Váš výzkum Petr Hamerník, ChemAxon s.r.o., Praha 2 přílohy: abstrakt, prezentace
15:00	Biowes - řešení pro správu a sdílení experimentálních dat a metadat Petr Císař, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Nové Hrady přílohy: abstrakt, prezentace

Coffee break, 15:20 - 16:20

Sekvence - nukleové kyseliny

Chairman: Hynek Strnad, Ústav molekulární genetiky AV ČR, Praha

16:20	Zpracování a analýza HTS dat Petr Daněček, Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK přílohy: abstrakt, prezentace
16:40	Assembly komplexních genomů Jan Pačes, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i., Praha přílohy: abstrakt, prezentace
17:00	Globální pohled na výstupy z 454 pyrosekvenací a jejich problémy Martin Mokrejš, Martin Mokrejš, Staré Město pod Sněžníkem přílohy: abstrakt
17:20	Vliv sekvenační délky na rekonstrukci transkriptomu s využítím RNA-Seq Jan Oppelt, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno přílohy: abstrakt
17:40	RepeatExplorer: Analýza repetitivních sekvencí na Galaxy serveru Petr Novák, Biologické centrum AV ČR, v. v. i. , České Budějovice přílohy: abstrakt, prezentace

Raut, 19:00 - donevidim

Grilované pochoutky: losos, vepřové koleno, hermelín, zelenina
Na čepu: Bernard 11, Plzeň 12, Kofola
Víno: Habánské sklepy jakostní či přívlastkové

Představení vědeckých skupin

Chairman: Jan Holub, Fakulta informačních technologií, ČVUT, Praha

09:00	Bioinformatická analýza mitochondriálnych genómov kvasiniek Bronislava Brejová, KI FMFI UK, Bratislava přílohy: abstrakt, prezentace
09:20	Od sekvencí k chromozómům: výzkum repetitivní DNA rostlin v Laboratoři molekulární cytogenetiky BC AVČR Jiří Macas, Biologické centrum AV ČR, České Budějovice přílohy: abstrakt, prezentace
09:40	Bioinformatický a chemoinformatický výzkum v Loschmidtových laboratořích Jan Brezovský, Přírodovědecká fakulta, Masarykova universita, Brno přílohy: abstrakt, prezentace
10:00	Hľadanie genómov RNA vírusov po sekvenovaní celkovej RNA tkanív hlodavca Tomáš Szemes, Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského, Bratislava 4 přílohy: abstrakt, prezentace

Coffee break, 10:20 - 11:00

Metody

Chairman: Broňa Brejová, Katedra informatiky, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky, Univerzity Komenského, Bratislava, Slovensko

11:00	Klasifikační metody pro genetická data: regularizace a robustnost Jan Kalina, Jan Kalina, Praha 6 přílohy: abstrakt, prezentace
11:20	Autoindex nad DNA sekvencemi Jan Holub, České vysoké učení technické v Praze, FIT, Praha přílohy: abstrakt, prezentace
11:40	Duální selekce genetických obvodů v bakteriích Petr Sosík, Slezská univerzita v Opavě, Opava přílohy: abstrakt, prezentace
12:00	Metody kombinování shlukovacích algoritmů Tomáš Bartoň, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Praha přílohy: abstrakt, prezentace

Oběd, 12:20 - 14:00

Vývar s celestýnskými nudlemi
1. Vepřová kýta na paprice, rýže
2. Pstruh, brambor
3. Smažený květák, vařené brambory

Chemoinformatika

Chairman: Radka Svobodová Vařeková, CEITEC, Masarykova univerzita, Brno

14:00	ChemGenDB – integrovaná platforma pro sběr a analýzu chemických sloučenin a HTS dat Jindřich Jindřich, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Praha 4 přílohy: abstrakt, prezentace
14:20	Nová metoda pro generování 2D farmakoforového modelu David Hoksza, Univerzita Karlova v Praze, Praha přílohy: abstrakt, prezentace
14:40	Jaký vliv na přesnost QSPR modelů má metodika přípravy 3D struktury? Případová studie pro predikci pKa. Stanislav Geidl, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno přílohy: abstrakt, prezentace
15:00	Radosti a strasti dokování Karel Berka, Univerzita Palackého v Olomouci, Olomouc přílohy: abstrakt, prezentace
15:20	Konzistence křížových odkazů v databázích malých molekul Jakub Galgonek, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i., Praha 6 přílohy: abstrakt, prezentace

Coffee break, 15:40 - 16:40

Struktury

Chairman: Jiří Vondrášek, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, Praha

16:40	Vyhledávání, porovnávání, validace a charakterizace strukturních motivů v rámci biomakromolekul Radka Svobodová Vařeková, CEITEC, Masarykova univerzita, Brno přílohy: abstrakt, prezentace
17:00	Dolce: Databáze lokálních konformací DNA Petr Čech, VŠCHT Praha, Praha přílohy: abstrakt, prezentace
17:20	MOLE: Pokročilý nástroj pro vyhledávání a charakterizaci tunelů Lukáš Pravda, Přírodovědecká fakula MU, Brno přílohy: abstrakt, prezentace
17:40	Vývoj nových metod a nástrojů pro metadynamické simulace Petr Hošek, Vysoká škola chemicko-technologická, Praha přílohy: abstrakt, prezentace aplikace
18:00	Simulace oscilační molekulární dynamiky allosterických proteinů v programu GROMACS Leona Šerá, VŠCHT Praha, Praha přílohy: abstrakt, prezentace

Poster session, 19:30 - donevidim

Pohoštění na mísách: řízečky, sýry, salámy, zelenina, saláty, dezerty
Na čepu: Bernard 11, Plzeň 12, Kofola
Víno: Habánské sklepy jakostní či přívlastkové

Tři nejlepší postery budou po zásluze odměněny. Poster session je sponzorována Středoevropským technologickým institutem Ceitec.

Seznam posterů

Sekvence - proteiny

Chairman: Natália Martínková, Ústav biologie obratlovců AV ČR, Brno

09:00	PredictSNP: prediktor vlivu mutací na funkci proteinů Jaroslav Bendl, Fakulta Informačních Technologií, Vysoké Učení Technické v Brně, Brno přílohy: abstrakt, prezentace
09:20	Systém pre identifikáciu mutácií v proteomických dátach Miroslav Hruška, Univerzita Palackého v Olomouci, Olomouc přílohy: abstrakt, prezentace
09:40	Bioinformatická analýza náhodných proteinových sekvencí Jiří Vymětal, Ústav Organické Chemie a Biochemie AV ČR, Praha 6 přílohy: abstrakt, prezentace

Coffee break, 10:00 - 11:00

Aplikace

Chairman: Martin Mokrejš, Bioinformatics.cz, Praha

11:00	Horizontální přenos genů v komplexní struktuře genomických signatur Natália Martínková, Ústav biologie obratlovců AV ČR, v.v.i., Brno přílohy: abstrakt, prezentace
11:20	Využití signálového zpracování ve fylogenetice a fylogenomice Karel Sedlář, Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií , Brno přílohy: abstrakt, prezentace
11:40	Lokalizace potenciálních G4-kvadruplexů v eukaryotických genomech Tomáš Martínek, Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií, Brno přílohy: abstrakt, prezentace
12:00	Využití genomických metod pro studium transkripčních faktorů u modelové kvasinky Schizosaccharomyces pombe Martin Převorovský, Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta, Praha 2 přílohy: abstrakt, prezentace
12:20	Bioinformatika v environmentální mikrobiologii Ondřej Uhlík, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Praha přílohy: abstrakt, prezentace

Zakončení

12:40	Vyhlášení vítězů o nejlepší postery Michal Kolář, Ústav molekulární genetiky AV ČR Závěrečné slovo Petr Bartůněk, CZ-OPENSCREEN Daniel Svozil, VŠCHT Praha a CZ-OPENSCREEN

Oběd, 12:50

Hrachová polévka se smaženým chlebem
1. Grilované kuřecí prso s glazírovanou baby karotkou, brambory
2. Hovězí guláš, knedlík
3. Zapečená cuketa v rajčatové omáčce s mozarellou sypaná parmazánem

Program

pondělí, 9. červen

úterý, 10. červen

středa, 11. červen